Proceedings of the National Academy of Sciences

LUMINIDEPENDENS orchestrates global transcriptional repression in <i>Arabidopsis</i>

C Clara Bergis-Ser (Université Paris-Saclay, CNRS, Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement, Univ Evry, Institute of Plant Sciences Paris-Saclay) Q Qingyi Wang (Université Paris-Saclay, CNRS, Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement, Univ Evry, Institute of Plant Sciences Paris-Saclay) X Xiaoning He (Université Paris-Saclay, CNRS, Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement, Univ Evry, Institute of Plant Sciences Paris-Saclay) M Maherun Nisa (Université Paris-Saclay, CNRS, Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement, Univ Evry, Institute of Plant Sciences Paris-Saclay) V Vickie Kaiser (Université Paris-Saclay, CNRS, Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement, Univ Evry, Institute of Plant Sciences Paris-Saclay) C Christelle Mazubert (Université Paris-Saclay, CNRS, Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement, Univ Evry, Institute of Plant Sciences Paris-Saclay) J Jeannine Drouin-Wahbi (Université Paris-Saclay, CNRS, Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement, Univ Evry, Institute of Plant Sciences Paris-Saclay) R Rim Brik-Chaouche (Université Paris-Saclay, CNRS, Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement, Univ Evry, Institute of Plant Sciences Paris-Saclay) L Layla Chmaiss (Université Paris-Saclay, CNRS, Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement, Univ Evry, Institute of Plant Sciences Paris-Saclay) J Jelle Van Leene (Department of Plant Biotechnology and Bioinformatics, Ghent University) G Geert De Jaeger (Department of Plant Biotechnology and Bioinformatics, Ghent University) J Jose Gutierrez-Marcos (School of Life Science, University of Warwick) C Catherine Bergounioux (Université Paris-Saclay, CNRS, Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement, Univ Evry, Institute of Plant Sciences Paris-Saclay) C Clara Bourbousse (Sorbonne Université, CNRS, INSERM, Development, Adaptation and Ageing) D David Latrasse (Université Paris-Saclay, CNRS, Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement, Univ Evry, Institute of Plant Sciences Paris-Saclay) M Moussa Benhamed (Université Paris-Saclay, CNRS, Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement, Univ Evry, Institute of Plant Sciences Paris-Saclay) C Cécile Raynaud (Université Paris-Saclay, CNRS, Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement, Univ Evry, Institute of Plant Sciences Paris-Saclay)

Abstract

Genomic integrity is constantly challenged by transcription/replication conflicts, a major source of replication stress and instability across all life forms. While extensive studies have elucidated mechanisms for resolving transcription/replication conflicts in animals, yeast, and prokaryotes, their counterparts in plants remain largely unexplored. Through a forward genetic screen, we identified LUMINIDEPENDENS (LD), previously known for its role in regulating the flowering repressor FLC , as a key factor in mitigating replication stress in plants. Notably, transcriptomic analyses reveal that LD loss results in the upregulation of over half of the Arabidopsis genes, placing LD as a global transcriptional repressor. Consistent with this role, LD directly binds a substantial portion of the Arabidopsis genome and interacts with the MED18 subunit of the Mediator complex to modulate RNA polymerase II phosphorylation. These findings uncover a fundamental function of LD in fine-tuning transcription at a genome-wide scale, with potentially an additional role in suppressing transcription–replication conflicts by locally dampening transcription and promoting replication fork progression. Our work highlights an intriguing genome-protective strategy in plants, that could shed light on mechanisms involved in transcription–replication conflict management in eukaryotic systems.

View Original
APA MLA Chicago BibTeX RIS

Article Details

Volume / Issue Vol. 122, Issue 49
Published December 09, 2025
ISSN 0027-8424
Publisher National Academy of Sciences

Journal Info

Proceedings of the National Academy of Sciences

National Academy of Sciences
ISSN: 0027-8424 Life Sciences

Authors (17)

C

Clara Bergis-Ser

Université Paris-Saclay, CNRS, Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement, Univ Evry, Institute of Plant Sciences Paris-Saclay

Q

Qingyi Wang

Université Paris-Saclay, CNRS, Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement, Univ Evry, Institute of Plant Sciences Paris-Saclay

X

Xiaoning He

Université Paris-Saclay, CNRS, Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement, Univ Evry, Institute of Plant Sciences Paris-Saclay

M

Maherun Nisa

Université Paris-Saclay, CNRS, Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement, Univ Evry, Institute of Plant Sciences Paris-Saclay

V

Vickie Kaiser

Université Paris-Saclay, CNRS, Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement, Univ Evry, Institute of Plant Sciences Paris-Saclay

C

Christelle Mazubert

Université Paris-Saclay, CNRS, Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement, Univ Evry, Institute of Plant Sciences Paris-Saclay

J

Jeannine Drouin-Wahbi

Université Paris-Saclay, CNRS, Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement, Univ Evry, Institute of Plant Sciences Paris-Saclay

R

Rim Brik-Chaouche

Université Paris-Saclay, CNRS, Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement, Univ Evry, Institute of Plant Sciences Paris-Saclay

L

Layla Chmaiss

Université Paris-Saclay, CNRS, Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement, Univ Evry, Institute of Plant Sciences Paris-Saclay

J

Jelle Van Leene

Department of Plant Biotechnology and Bioinformatics, Ghent University

G

Geert De Jaeger

Department of Plant Biotechnology and Bioinformatics, Ghent University

J

Jose Gutierrez-Marcos

School of Life Science, University of Warwick

C

Catherine Bergounioux

Université Paris-Saclay, CNRS, Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement, Univ Evry, Institute of Plant Sciences Paris-Saclay

C

Clara Bourbousse

Sorbonne Université, CNRS, INSERM, Development, Adaptation and Ageing

D

David Latrasse

Université Paris-Saclay, CNRS, Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement, Univ Evry, Institute of Plant Sciences Paris-Saclay

M

Moussa Benhamed

Université Paris-Saclay, CNRS, Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement, Univ Evry, Institute of Plant Sciences Paris-Saclay

C

Cécile Raynaud

Université Paris-Saclay, CNRS, Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement, Univ Evry, Institute of Plant Sciences Paris-Saclay

Related Articles from this Journal

Nature’s antivenom: Combinations of conserved rattlesnake serum metalloproteinase inhibitors block the lethal action of viper venoms

Sean B. Carroll, Fiona P. Ukken et al. Aug 2026 10.1073/pnas.2612168123

Accelerating <i>Campylobacter</i> zoonosis in the Anthropocene

Oakem J. Kyne, Bridget S. Penman et al. Aug 2026 10.1073/pnas.2609969123

Global threat exposure of islands in a changing world

Clara Marino, Martin Philippe-Lesaffre et al. Aug 2026 10.1073/pnas.2534106123

A wearable patch for continuous levodopa monitoring in sweat: Towards exertion and power-free pharmacodynamic assessment in Parkinson’s disease

Tamoghna Saha, Muhammad Inam Khan et al. Aug 2026 10.1073/pnas.2610453123

Energy prioritization and neurometabolic scaling in a social insect brain

Zach N. Coto, Dajia Ye et al. Aug 2026 10.1073/pnas.2605431123