A transcription factor modulates dermal architecture to generate structural and pigment color diversity in lizards

P Prem Aguilar (CIBIO, Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, InBIO, Research Network in Biodiversity and Evolutionary Biology, Universidade do Porto) P Pedro Andrade (CIBIO, Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, InBIO, Research Network in Biodiversity and Evolutionary Biology, Universidade do Porto) J Jindřich Brejcha (Department of Philosophy and History of Science, Faculty of Science, Charles University) P Paulo Pereira (CIBIO, Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, InBIO, Research Network in Biodiversity and Evolutionary Biology, Universidade do Porto) R Roberto Arbore (CIBIO, Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, InBIO, Research Network in Biodiversity and Evolutionary Biology, Universidade do Porto) J Javier Abalos (Department of Biology, Lund University) S Sandra Afonso (CIBIO, Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, InBIO, Research Network in Biodiversity and Evolutionary Biology, Universidade do Porto) R Rita Afonso (CIBIO, Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, InBIO, Research Network in Biodiversity and Evolutionary Biology, Universidade do Porto) A Arnaud Badiane (Institute of Functional Genomics, École Normale Supérieure de Lyon, CNRS, Lyon1 Université Claude Bernard) E Enrique Font (Ethology Lab, Institut Cavanilles de Biodiversitat i Biologia Evolutiva, Universitat de València) G Giulia Simbula (CIBIO, Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, InBIO, Research Network in Biodiversity and Evolutionary Biology, Universidade do Porto) Z Zuzana Bosakova (Department of Analytical Chemistry, Faculty of Science, Charles University) G Geoffrey M. While (School of Biological Sciences, University of Tasmania) T Tobias Uller (Department of Biology, Lund University) C Catarina Pinho (CIBIO, Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, InBIO, Research Network in Biodiversity and Evolutionary Biology, Universidade do Porto) L Leif Andersson (Department of Medical Biochemistry and Microbiology, Uppsala University) G Guillem Pérez i de Lanuza (CIBIO, Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, InBIO, Research Network in Biodiversity and Evolutionary Biology, Universidade do Porto) M Miguel Carneiro (CIBIO, Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, InBIO, Research Network in Biodiversity and Evolutionary Biology, Universidade do Porto)

Abstract

The way organisms perceive the world influences their evolution. Many animals detect ultraviolet (UV) light invisible to humans, creating sensory contexts that alter the selective landscape for coloration. Here, we dissected the molecular basis of a UV-reflecting color morph in common wall lizards, uncovering its association with a noncoding region upstream of the transcription factor PAX7 . Our results suggest that variation at this locus alters dermal architecture by modifying the cellular composition, exposing structures within specialized cells that generate UV structural coloration. We further demonstrate that the PAX7 locus acts epistatically on other color genes to suppress pigment deposition, revealing a genetic interaction between pigmentary and structural pathways that underlie color production. Across populations, the frequency of the UV morph was not predicted by environmental variation, arguing against climate-driven selection. Inferred frequencies of the UV-associated allele across sampled populations exhibited weaker spatial structure than expected from genome-wide variation, suggesting this polymorphism may be maintained by balancing selection. Our findings reveal mechanisms of phenotypic evolution beyond human perception and a genetic link between pigmentary and structural coloration.

Article Details

Volume / Issue Vol. 123, Issue 27
Published July 07, 2026
ISSN 0027-8424
Publisher National Academy of Sciences

Authors (18)

P

Prem Aguilar

CIBIO, Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, InBIO, Research Network in Biodiversity and Evolutionary Biology, Universidade do Porto

P

Pedro Andrade

CIBIO, Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, InBIO, Research Network in Biodiversity and Evolutionary Biology, Universidade do Porto

J

Jindřich Brejcha

Department of Philosophy and History of Science, Faculty of Science, Charles University

P

Paulo Pereira

CIBIO, Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, InBIO, Research Network in Biodiversity and Evolutionary Biology, Universidade do Porto

R

Roberto Arbore

CIBIO, Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, InBIO, Research Network in Biodiversity and Evolutionary Biology, Universidade do Porto

J

Javier Abalos

Department of Biology, Lund University

S

Sandra Afonso

CIBIO, Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, InBIO, Research Network in Biodiversity and Evolutionary Biology, Universidade do Porto

R

Rita Afonso

CIBIO, Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, InBIO, Research Network in Biodiversity and Evolutionary Biology, Universidade do Porto

A

Arnaud Badiane

Institute of Functional Genomics, École Normale Supérieure de Lyon, CNRS, Lyon1 Université Claude Bernard

E

Enrique Font

Ethology Lab, Institut Cavanilles de Biodiversitat i Biologia Evolutiva, Universitat de València

G

Giulia Simbula

CIBIO, Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, InBIO, Research Network in Biodiversity and Evolutionary Biology, Universidade do Porto

Z

Zuzana Bosakova

Department of Analytical Chemistry, Faculty of Science, Charles University

G

Geoffrey M. While

School of Biological Sciences, University of Tasmania

T

Tobias Uller

Department of Biology, Lund University

C

Catarina Pinho

CIBIO, Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, InBIO, Research Network in Biodiversity and Evolutionary Biology, Universidade do Porto

L

Leif Andersson

Department of Medical Biochemistry and Microbiology, Uppsala University

G

Guillem Pérez i de Lanuza

CIBIO, Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, InBIO, Research Network in Biodiversity and Evolutionary Biology, Universidade do Porto

M

Miguel Carneiro

CIBIO, Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, InBIO, Research Network in Biodiversity and Evolutionary Biology, Universidade do Porto